Endoskopi içeri bakmak anlamına gelir. Çocuklarda endoskopi boşluklu iç organların içini değerlendirmek, tanı ve tedavi için kullanılan bir yöntemdir. Çocuk gastroenterologları tarafından her yaşta çocuğa ve bebeğe uygulanabilir. Değerlendirilen bölgeler mide ve kalın bağırsaktır. Ancak çocuklarda endoskopi ile solunum yollarına, sinüslere de bakılabilir ve buna bronkoskopi adı verilir. Bronkoskopi, yine endoskopi tanımı içinde yer alır. 

Endoskopi, gastroskopi ve kolonoskopi olarak iki gruba ayrılabilir. Gastroskopi işleminde ağızdan girilerek, önce sindirim borusu, sonra mide, ardından onikiparmak bağırsağını değerlendirmek mümkündür. Kolonoskopi adı verilen işlemde ise makattan girerek önce kalın bağırsak, ardından ince bağırsak ile kalın bağırsağın birleştiği bölge ve apandisit bölgesini görmek mümkündür.